Il débute sa carrière en 1979 comme assistant-réalisateur de Jean-Luc Godard, Krzysztof Kieslowski et Bertrand Tavernier.
En 1995, il passe lui-même derrière la caméra et réalise Madame Jacques sur la Croisette, court-métrage autour d’un des sujets récurrents de son œuvre, la shoah. Primé dans de nombreux festivals, il obtient notamment le César du meilleur court-métrage 1997.
En 1999, il réalise un premier long, Voyages (César du Meilleur Premier Film et du Meilleur Montage, Prix de la jeunesse à la Quinzaine des réalisateurs, Prix Louis Delluc premier film). Son premier documentaire, Casting, réalisé en 2001, obtient de nombreux prix dans des festivals français et internationaux.
En 2009, il revient à ses premières amours en réalisant un deuxième long-métrage, Nulle part, terre promise, sélectionné et primé dans de nombreux festivals (Prix Jean Vigo.).
Je Suis, son deuxième documentaire tourné en 2012, suit le combat quotidien de trois patients, de leur famille et du personnel soignant au sein d’un centre de rééducation. Il obtient le Prix du Meilleur Film au Festival Un autre regard.
En 2016, il réalise Je ne suis pas un salaud (Prix de la Mise en Scène et du Meilleur Acteur au Festival du Film Francophone d’Angoulême).
Son dernier long-métrage, La Douleur est sorti en salles cette année.